Seit Implementierung des Universitätsgesetzes (UG 2002) wird die Kunstunversität Linz von den Gremien Rektorat, Senat und Universitätsrat geleitet. Ihre Aufgaben sind gesetzlich geregelt und lassen sich wie folgt zusammenfassen:
Das Rektorat besteht aus einem Rektor oder einer Rektorin und VizerektorInnen. Sie führen die Geschäfte der Universität.
Der Senat ist die ständige Vertretung der ProfessorInnen, des Mittelbaus, der Universitätsangestellten und der Studentenschaft und vertritt deren Anliegen.
Der Universitätsrat wird aus Mitgliedern gebildet, die in der Wissenschaft, Kultur und Wirtschaft tätig sind. Sie agieren im Interesse der gesamten Universität und unterstützten die beiden anderen Gremien durch ihre fachlichen, strategischen und kommunikativen Kenntnisse, damit diese ihre Ziele und Aufgaben leichter erreichen.